Con la entrada de las tropas franquistas en Valéncia en marzo de 1939, Mislata vivió un cambio drástico. El Comité Popular, que había gobernado durante la guerra, desapareció, y el poder local pasó a un nuevo ayuntamiento designado por el régimen. La prioridad inmediata fue imponer el control político y castigar a quienes habían apoyado la República.

La represión franquista.

La represión se materializó en juicios sumarísimos, encarcelamientos, fusilamientos y depuraciones laborales.

En la base de datos de la Diputación de Valéncia se recogen casos como el de José Iglesias Gil, molinero de 32 años, fusilado el 11 de septiembre de 1940 y enterrado en la fosa 101 del cementerio de Paterna. Otro vecino, José Coll, anarquista, fue ejecutado en 1944 en Paterna. En total, 29 mislateros fueron fusilados tras la guerra, según estudios locales, todos ellos en las tapias del cementerio de Paterna.

La Guardia Civil y la Falange jugaron un papel decisivo en el control del pueblo: las detenciones, interrogatorios y la vigilancia política se convirtieron en parte de la vida cotidiana.

Las consecuencias fueron devastadoras para algunas familias. Muchas mujeres quedaron viudas con hijos pequeños, sin recursos para sobrevivir. Los huérfanos crecieron en un ambiente de miedo y silencio, pues hablar del pasado de sus padres podía acarrear nuevas represalias.

En paralelo, la memoria de las víctimas republicanas fue silenciada, mientras que el régimen exaltaba a los llamados "caídos por Dios y por España". Se celebraban misas y actos políticos en recuerdo de los combatientes nacionales, mientras las familias de los fusilados republicanos no podían siquiera llevar flores a sus muertos.

La reconstrucción y el nacionalcatolicismo.

La iglesia parroquial, que había sido convertida en checa durante la guerra, fue restaurada y recuperó su papel central en la posguerra. Se encargaron nuevas imágenes y las fiestas religiosas regresaron con fuerza siendo parte esencial del discurso del régimen. Además, las Hermanas de la Doctrina Cristiana retomaron su labor educativa reinstalándose en Mislata tras recuperar el convento.

Los años 40 estuvieron marcados por el hambre, las cartillas de racionamiento y las escasez propias de un período de posguerra. La huerta de Mislata siguió siendo la base económica, pero las incautaciones, el estraperlo y la falta de recursos hacían la vida muy dura. 

Poco a poco, entre los años 50 y 60, el pueblo comenzó a transformarse con la llegada de emigrantes del interior y sur del país.

En conjunto, la posguerra y el franquismo dejaron en Mislata una doble huella: por un lado, la represión política y por otro la reconstrucción. La memoria de ambos procesos forma hoy parte de la identidad histórica de Mislata.